Ακυρώθηκαν από το Συμβούλιο της Επικρατείας οι τελευταίες πρυτανικές εκλογές στο Πολυτεχνείο Κρήτης (Αύγουστος 2008) που ανέδειξαν πρύτανη τον κ. Ιωακείμ Γρυσπολάκη και αντιπρυτάνεις τους κκ. Νικόλαο Βαρότση και Μιχαήλ Πατεράκη. Κατά τις εκλογές αυτές, οι οποίες διεξήχθησαν έπειτα από τρεις αναβολές, μπήκαν στα δύο εκλογικά τμήματα των φοιτητών κουκουλοφόροι και έκλεψαν τις κάλπες, τα ψηφοδέλτια και τις σφραγίδες της Εφορευτικής Επιτροπής, ενώ κατέστρεψαν τους εκλογικούς καταλόγους.

Ο υποψήφιος πρύτανης κ. Γιάννης Φίλης και οι υποψήφιοι αντιπρυτάνεις κκ. Θεόδωρος Μαρκόπουλος και Ιωάννης Σαριδάκης υπέβαλαν ένσταση με την οποία ζητούσαν να μη γίνει η καταμέτρηση των ψηφοδελτίων με βάση μόνο τις κάλπες από τα δύο εκλογικά τμήματα, στα οποία ψήφισαν τα μέλη του ΔΕΠ και του διοικητικού προσωπικού, όπου είχε διεξαχθεί χωρίς προβλήματα η ψηφοφορία.

Η Εφορευτική Επιτροπή όμως απέρριψε την ένσταση αποφασίζοντας ότι τα αποτελέσματα των εκλογών θα βασιστούν στις δύο κάλπες των καθηγητών. Ετσι, οι τρεις υποψήφιοι κατέθεσαν νέα ένσταση στο πρυτανικό συμβούλιο, υποστηρίζοντας ότι τα εκλογικά αποτελέσματα δεν βασίζονται στις ψήφους των φοιτητών, η οποία όμως και πάλι απορρίφθηκε. Οι σύμβουλοι Επικρατείας (απόφαση 2746/2010 Γ΄ Τμήματος) έκριναν ότι η εκλογική διαδικασία διεξήχθη κατά παράβαση του Ν. 2083/1992, γιατί η εκλογή των πρυτανικών αρχών δεν διενεργήθηκε με τη συμμετοχή όλων των κατηγοριών των εκλεκτόρων (καθηγητών και φοιτητών). Μάλιστα, υπογραμμίζουν ότι «το πρυτανικό συμβούλιο και περαιτέρω η Κεντρική Εφορευτική Επιτροπήόφειλαννα διασφαλίσουν την απρόσκοπτη συμμετοχή στη δημοκρατική διαδικασία αναδείξεως των αρχών του ανώτατου εκπαιδευτικού ιδρύματος όλων των εκλεκτόρων που επιθυμούσαν να ψηφίσουν, λαμβάνοντας κάθε πρόσφορο νόμιμο μέτρο».

Τέλος, το Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο διατάσσει να στηθούν και πάλι οι κάλπες, προκειμένου να ψηφίσουν μόνον οι φοιτητές αυτή τη φορά και εν συνεχεία να γίνει η καταμέτρηση των ψηφοδελτίων για την ανάδειξη του πρύτανη και των αντιπρυτάνεων.